Факт нецелевого использования бюджетных средств, как правило, фиксируется на дату совершения платежной операции по расходованию средств на основании соответствующих платежных (расчетных) документов (это из методических рекомендаций 532). В заявках на кассовый расход и поручений о перечислении на счет указываются только КВР
КОСГУ указывается в бухгалтерских проводках.
Не совсем понятно как неправильное применение бюджетной классификации - КОСГУ может применяется к нецелевому использованию