Внешний и внутренний контроль имеют существенные различия. Во-первых, внешний контроль характеризует публичность результатов его осуществления, которые имеют иных потребителей: гражданское общество, законодательное собрание, высшее должностное лицо региона. Во-вторых, внутренние и внешние контролеры применяют разные подходы к определению объектов контроля. Для внешнего контроля объект постоянен — это публичные ресурсы региона (бюджет, материальные и нематериальные активы). Объекты же внутреннего контроля для внешнего являются проверяемыми органами и организациями. В-третьих, по закону КСО — единственный орган, который может и должен комплексно оценивать эффективность использования публичных ресурсов региона. Тем не менее у внутреннего и внешнего контроля есть совместные задачи, а значит, и общие проблемы.