В соответствии с распоряжением Правительства Москвы от 24 апреля 2013 года № 213-рп «О создании Государственного казенного учреждения города Москвы „Службы финансового контроля Департамента здравоохранения города Москвы“» уставом ГКУ «СФК ДЗМ» полномочия Департамента здравоохранения города Москвы по организации и осуществлению контроля за деятельностью подведомственных департаменту учреждений, в том числе ведомственного контроля за финансово-хозяйственной деятельностью, ведомственного контроля за соблюдением законодательства Российской Федерации и иных нормативных правовых актов о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения нужд города, а также требований Федерального закона от 18 июля 2011 года № 223-ФЗ «О закупках товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц» и иных принятых в соответствии с ним нормативных правовых актов Российской Федерации (далее — контроль в сфере закупок), переданы ГКУ «СФК ДЗМ».
С 1 января 2020 года ГКУ «СФК ДЗМ» также осуществляет внутренний финансовый аудит в отношении государственных казенных учреждений, подведомственных ДЗМ, на основании соглашений о передаче указанных полномочий в соответствии с федеральными стандартами, утвержденными Министерством финансов РФ.
По состоянию на 1 января 2021 года количество подведомственных ДЗМ учреждений составляет 258, в том числе семь казенных учреждений (диаграмма ниже).
Организации, подведомственные Департаменту здравоохранения города Москвы на 1 января 2021 г.